ห้องปลอดเชื้อนั้นมักจะใช้งานในทุกอุตสาหกรรมที่อนุภาคเล็กๆสามารถส่งผลต่อขั้นตอนการผลิตอย่างมาก ห้องปลอดเชื้อนั้นมีหลากหลายขนาดและความซับซ้อน และถูกใช้กันอย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมพวกการผลิตสารกึ่งตัวนำ เภสัชกรรม ไบโอเทค อุปกรณ์การแพทย์และวิทยาศาสตร์สิ่งมีชีวิต เช่นเดียวกันกับการใช้ในขั้นตอนการผลิตสำคัญที่พบได้ทั่วไปในอุตสาหกรรมการบินและอวกาศ เลนส์สายตา กองทัพและกระทรวงพลังงาน

ห้องปลอดเชื้อคือส่วนสำคัญของห้องปฏิบัติการและวงการชิ้นส่วนไฟฟ้าขนาดเล็ก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตสารกึ่งตัวนำ เพื่อตรวจสอบและรักษาคุณภาพ จึงมีมาตรฐานเฉพาะเพื่อปฏิบัติตามและนำทางในขั้นตอนของการก่อสร้างและใช้งานห้องปลอดเชื้อ แม้ว่าการยึดถือกับความต้องการเหล่านี้ทำให้การออกแบบและก่อสร้างห้องปลอดเชื้อนั้นซับซ้อนกว่าการก่อสร้างทั่วไป แต่มาตรฐานจะเป็นแนวทางสู่ความสำเร็จของห้องปลอดเชื้อที่จะตรงตามความต้องการของผู้ใช้งานจริง

แผ่นฉนวนกันความร้อนที่นำมาติดตั้ง CLEAN ROOM เป็นแผ่นฉนวนสำเร็จรูป หรือ Sandwich panel ซึ่งเป็นแผ่นฉนวนที่ทำมาจากการใช้เหล็กเคลือบสีมาประกบกัน โดยมีฉนวนไส้กลางเป็นแผ่นโฟม PS PU PUR PIR FOAM และ ROCK WOOL ประกอบเป็นแผ่นฉนวน เช่น ฉนวนกันความร้อนผนัง ราคาถูก เป็นต้น โดยสามารถนำไปใช้ทำเป็นห้องต่างๆ เช่น ห้องกันไฟ ห้องเย็น ห้องคลีนรูม ไลน์ผลิต โกดัง ออฟฟิศสำนักงาน โรงงาน หรือแม้กระทั่งสร้างบ้านก็ได้เช่นกัน เพราะแผ่นฉนวนติดตั้งง่าย และราคาถูก

ห้องปลอดเชื้อทุกห้องมีสภาพแวดล้อมลักษณะพิเศษ โดยใช้ประโยชน์ของระบบควบคุมที่ดำเนินการด้วยอุปกรณ์เครื่องจักร ซึ่งจะช่วยรักษาสภาพแวดล้อมไว้ อุปกรณ์ฮาร์ดแวร์ในการควบคุมมี 3 ประเภทหลักๆด้วยกัน ไม่ว่าจะเป็นห้องปลอดเชื้อในสารกึ่งตัวนำ, ชีวเภสัชภัณฑ์ หรืออุปกรณ์สำหรับใช้กับอาหาร

ในอุตสาหกรรมหลายๆ อุตสาหกรรมมีการควบคุมและเข้มงวดเรื่องฝุ่นละอองรวมถึงเชื้อโรคมากเป็นพิเศษ เช่น โรงพยาบาล อุตสาหกรรมอาหารและยา เครื่องสำอาง เป็นต้น เพราะฝุ่นคือศัตรูตัวร้ายที่อาจทำให้สินค้าเกิดความเสียหายได้