กฎพื้นฐานในห้องปลอดเชื้อมี 4 ประการ คือ☑ สารปนเปื้อนต้องไม่ทำให้สิ่งแวดล้อมที่ถูกควบคุมในห้องปลอดเชื้อเกิดการเปลี่ยนแปลง☑ อุปกรณ์ที่ใช้ควบคุมสภาพแวดล้อมภายในห้องจะต้องไม่ทำให้สิ่งปนเปื้อนเกิดหรือเพิ่มขึ้น (เช่น ผลจากปฏิกิริยาฟิคชั่น, ปฏิกิริยาเคมีหรือกระบวนการทางชีวภาพ)☑ ต้องไม่มีการสะสมสิ่งปนเปื้อนภายในห้องปลอดเชื้อ☑ สิ่งปนเปื้อนที่ยังคงอยู่ภายในห้องปลอดเชื้อ ต้องถูกกำจัดออกไปให้มากและเร็วที่สุดเท่าที่จะทำได้องค์ประกอบภายในห้องปลอดเชื้อ☑ การออกแบบภายในห้องปลอดเชื้อ ควรออกแบบมาให้ง่ายต่อการทำความสะอาด,ของเหลวต่างๆไม่สามารถแทรกซึมเข้ามาได้ และทนทานต่อสารเคมี ซึ่งระบบโครงสร้างต่างๆควรประกอบด้วย☑ เป็นห้องปลอดเชื้อที่มีความจำเพาะ☑ คุณลักษณะพื้นฐานภายในห้องควรประกอบด้วย ผนังห้อง ฝ้าเพดานห้อง พื้นห้อง หน้าต่าง ประตูโคมไฟ และอุปกรณ์อนามัย☑ เป็นห้องที่สามารถปรับเปลี่ยนให้เหมาะสมกับการใช้งานได้ระบบระบายอากาศภายในห้องควรมีพัดลมกรองระบายอากาศติดไว้บนผนังห้องหรือบนเพดาน สามารถระบายอากาศภายในห้อง และทำให้อากาศถ่ายเทได้ดี เพื่อเป็นการป้องกันกันผลิตภัณฑ์ต่างๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งผลิตภัณฑ์ที่ไวต่อการปนเปื้อน
